Oficinas Regionales y Escuelas Charter
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Para mejorar la instrucción y el rendimiento de los estudiantes y simplificar la administración del Distrito, las escuelas están organizadas en cinco regiones (Norte, Este, Sur, Oeste y Central) que a su vez están divididas en zonas correspondientes a cada escuela secundaria que cubre los colegios primarios y medios ubicados en esta área. Cada oficina regional está dirigida por un superintendente regional que coordina un equipo de directores ejecutivos para garantizar la calidad de la instrucción en toda el área bajo su jurisdicción. Los gerentes regionales fomentan y fortalecen las comunicaciones con los padres al atender sus inquietudes y mediante su gestión de los varios programas de voluntariado y de asociación con el sector empresarial de la ciudad.
La Oficina de Escuelas Alternativas y Charter supervisa todas las escuelas pertenecientes a estas categorías dentro del Distrito. HISD fue uno de los primeros distritos escolares de Texas en crear sus propias escuelas charter. Actualmente, tiene a su cargo a más de 20 escuelas de este tipo operadas por organizaciones, universidades, entidades privadas y públicas. La Oficina de Escuelas Alternativas y Charter tiene amplia autoridad en la administración y operación de la escuela, debiendo únicamente atenerse a las leyes estatales y federales que no pueden ser dispensadas.